Depois de uma aventurosa viagem que durou seis anos, Carlos Spínola chegou ao Japão em 1602. Em 1614 o cristianismo foi declarado ilegal e os jesuítas estrangeiros expulsos. Spínola, porém, permaneceu como clandestino. Foi feito prisioneiro em 1618 com o Irmão Ambrósio Fernandes e um catequista. Durante o tempo em que esteve encarcerado, pôs em andamento um noviciado para sete catequistas presos com ele e que, antes de morrer, fizeram os votos na Companhia. Foi queimado vivo em Nagasaki.